В момента манастирът е разположен на Арбанашкото плато на шест километра североизточно от град Велико Търново и на три километра от Лясковец. От терасата зад манастира има невероятна гледка към Дунавската равнина и Еленския балкан.
Манастирът е основан по времето на Втората българска държава от братята Петър и Асен. Върху хълма с внушителната скала някога е имало крепост, която пазела владенията на Асеновци. В нея е подготвено въстанието през 1185 г. за освобождението на България от византийско иго. Асеновци построяват манастира в знак на благодарност, че въстанието е успяло.
Легендата разказва, че след злополучната 1393 г. арбанашкият първенец Павоян построил манастира и го дарил с ниви, гори и ливади, а след това забегнал във Влашко. Вероятно оттогава гората наоколо се нарича „Боянската“ – на името на богатия благодетел Боян (гърците прекроили името му на Павоян).
През робството манастирът многократно е опожаряван и разграбван, а след това възстановяван.
През 1662 г. той е въздигнат, но дълго е управляван от гръцки владика, който изгонил българските монаси и настанил гръцки игумен и гръцки монаси. Църковната борба донесла духовна свобода на манастира. Гърците били изгонени.
През тази 1662 г. манастирът става известен и извън пределите на Османската империя. Руският император Петър Велики го дарява с позлатено Евангелие и Кивот. Монасите от манастира преписвали тайно „История славянобългарска“ на Паисий.
По време на турското робство манастирът става място за организирането на няколко революционни бунта. През 1700 г. тук се подготвя въстанието на търновската вдовица Мара начело със сина й Стоян и Мирчо войвода. Съзаклятник е бил игуменът на манастира Софроний (Мариното въстание). Въстанието било разбито от Карджалъ Омер паша. Манастирът разтваря гостоприемни врати на Софроний Врачански, Неофит Бозаели, Георги Сава Раковски. През далечната 1856 г. капитан Дядо Никола повежда тринадесет четници към Габровския балкан.
На 15 юни 1862 г. хаджи Ставрий организира буна със седемдесет юнаци. Бунтът не успява. Манастирът запустява за дълго поради факта, че игуменът хаджи Теодосий и брат му хаджи Йоасаф са за- точени в Диарбекир, а монасите – затворени. През април 1869 г. Васил Левски тайно пристига в манастира и основава в Лясковец революционен комитет, а през 1872 преминава отново с Ангел Кънчев. Апостолите на Великотърновския революционен окръг намират убежище тук (отец Матей Преображенски-Миткалото, Георги Измирлиев, Иван Панов Семерджиев, Бачо Киро Петров, Христо Иванов-Големия). Петият известен в историята на манастира игумен е архимандрит Максим Райкович (1835-1850). Това е началото игумени на манастира да бъдат само българи.
През 1874 г. митрополит Иларион Макариополски организира първото духовно училище в България, след учредяването на българската Екзархия. Ректор е бил Недю Жеков, а сред учениците е бъдещият професор Васил Златарски. Семинарията продължава дейността си и след освобождението до 1885 година.
През 1878 г. славянският благотворителен комитет урежда в манастира сиропиталище за пострадалите с управител Добри Войников.
По време на Стамболовия режим (1893) тук е заточен Търновският митрополит Климент (Васил Друмев).
Голямото земетресение през 1913 г. и избухналият пожар разрушават манастирската черква и историческите постройки. Останали здрави само новите сгради на семинарията (дело на дряновския майстор Уста Маньо). До голяма степен са запазени в автентичния си вид и сега. Заличени и погубени са скъпи творби на изобразителното изкуство.
Продължителна е реставрацията на манастира. На 31 метра над земята се извисява манастирската камбанария, а часовникът под нея е подарен от родолюбивата лясковчанка Мария Генова (сега живее в Швейцария). Превратностите на историята не са в състояние да прекъснат традицията на народните тържества в навечерието на Деня на светите апостоли Петър и Павел („Хоро се вие край манастира“).
Тук реално се вижда срещата между минало, настояще и бъдеще.
Из книгата на Атанас Сивков „Манастирите в България. Туристически маршрути“, Издателска къща „Бизнес плюс…“, Варна, 2001 година